Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Trường Đại học Đồng Tháp gồm 12 Đoàn cơ sở trực thuộc, cụ thể:
1. LCĐ Khoa Ngoại ngữ
2. LCĐ Khoa Sư phạm Khoa học tự nhiên
3. LCĐ Khoa Sư phạm Ngữ văn
4. LCĐ Khoa Sư phạm Nghệ thuật
5. LCĐ Khoa Sư phạm Toán - Tin
6. LCĐ Khoa Giáo dục Tiểu học - Mầm non
7. LCĐ Khoa Sư phạm Khoa học xã hội
8. LCĐ Khoa Giáo dục Thể chất - Quốc phòng và An ninh
9. LCĐ Khoa Kinh tế
10. LCĐ Khoa Nông nghiệp và Tài nguyên môi trường
11. LCĐ Khoa Văn hóa - Du lịch và Công tác xã hội
12. Đoàn cơ sở Cán bộ - Giảng viên
(Cập nhật tháng 4/2021)