Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Trường Đại học Đồng Tháp gồm 7 Đoàn cơ sở trực thuộc:
1. Đoàn trường Sư phạm
2. Liên chi Đoàn khoa Ngoại ngữ
3. Liên chi Đoàn khoa Kinh tế - Luật
4. Liên chi Đoàn khoa Nông nghiệp và Tài nguyên môi trường
5. Liên chi Đoàn khoa Công nghệ và Kỹ thuật
6. Liên chi Đoàn khoa Văn hóa - Du lịch và Công tác xã hội
7. Đoàn cơ sở Cán bộ - Giảng viên
(Cập nhật tháng 4/2025)